EC-CUBE 4 でテンプレートファイル(twig)を直接編集して、FTPでアップしても変わらなくなった時は、
「app/template/側」にテンプレートファイルが生成されている場合があります。
このファイルが作成されているとこちらのファイルを優先して読み込むため、「/src/Eccube/Resource/template側」のファイルをFTPで直接アップしても反映されません。
原因は、管理画面で、テンプレートを編集した場合、「app/template/側」にテンプレートが生成されます。
例として、/Block/category.twig を管理画面から編集した場合、
下記のファイルが自動で生成されます。
/~略~/app/template/default/Block/category.twig
管理画面のみで、編集を行う場合は、問題ありませんが、FTP中心でテンプレートを編集したい場合は、管理画面でのテンプレート編集は基本的に行わない方が良いかもしれません。
この生成された「app/template/側」のファイルを削除すれば、再度「/src/Eccube/Resource/template側」のファイルを読み込みさせることができます。
※削除の前に念のため、バックアップ等保存をしてください。